第313章 陈师弟牛逼（1/2）

第313章 陈师弟牛逼

吃过饭，陈辉收拾好垃圾，放在一旁垃圾桶中，再次回到电脑前。

刚刚吃饭时，放空大脑的他已经找到了新的灵感，他意识到，这是生物，这是医学，不能仅靠纯数学驱动，必须给模型加入生物学约束！

登陆上专业的论文网站，陈辉开始搜索蛋白质相互作用的数据库和已知的信号通路图谱相关的论文，他之前就了解过这方面的内容，但并没有深入研究。

时间一天天过去，陈辉如同一块饥渴的海绵，疯狂的吸收着一切知识。

一周后，万事俱备，陈辉开始继续改进自己的模型，他没有直接套用，而是将这些知识转化为弱先验信息，即哪些蛋白之间更可能存在相互作用，基于已知复合体、结构域相似性等，为模型提供一些模糊的、概率性的指导。

然后陈辉采用贝叶斯网络的机器学习方法，这种方法特别适合从数据中推断因果关系网络，并且可以方便地融入他收集到的弱先验信息作为约束。

很快，新的模型完成。

新模型运行后，得到了一个初步的、概率性的网络图。

图中指向了一个之前被忽略的、名为pkcδ的蛋白激酶可能处于这个新通路的核心位置。

陈辉露出开心的笑容，忙碌了这么多天，终于有了个还不错的结果。

然而很快，陈辉就皱起了眉头，在模型中，pkcδ与上游的连接仍然模糊，光是目前的信息，根本没办法提供足够的置信度。

进步了，但还不够！

陈辉深吸一口气，他早已经习惯了这样的攻坚研究，非但没有感觉气馁，甚至斗志昂扬。

这一次，他足足了三天时间，也依旧没有想到更好的思路。

研究似乎已经陷入了僵局。

期间宋朝明也来过几次，毕竟陈辉来他们团队也已经接近半个月了，却一点动静都没有，他自然得来看看。

原本还有些忐忑的他，在见到陈辉第二版的模型后，差点兴奋得在会议室中跳起舞来。

不过他还是赞成陈辉严谨的态度。

跟唐剑不同，他现在早已经功成名就，即便多一篇《自然》《科学》也并不能给他带来太大的好处，所以他对发论文的执念没有那么深。

他们研究的是肿瘤，最终的研究成果是要用到病人身上的，可不能真的就用一个看似完美的成果去替代真实情况。

即便药物会提前经过动物测试，但谁也说不准最后会不会出现什么可怕的后果，自然需要慎之又慎。

更何况，这才半个月，陈辉就能做出这样令人惊喜的结果，他根本不介意再多等几个月。

呼！

长出一口气，陈辉目光从屏幕上移开，暂时放空一下大脑。

他的确遇到了难题。

几秒钟后，陈辉目光再次恢复坚定，再次看向电脑屏幕，然后移动鼠标，再次打开了宋朝明团队的历史研究数据。

既然前方一片黑暗，暂时找不到路，那不如回头看看，从这些数据中去寻找可能的线索。

又是一周时间，这一次，陈辉以更加细致的方式去审视这些数据，比之前耗费了更多的时间，但想要的灵感依旧没有到来。

做科研就是这样，即便你费了大量的时间精力，费尽了心血，也不一定能出成果，说不定偶尔一个突然的想法，反而能有大发现。

凌晨两点，陈辉在会议室中缓缓移动鼠标，锐利的目光在纷繁的数据中不断流转。

时间一点一点流逝。

很快已经是两点五十。

陈辉收回目光，他准备睡觉了。

从初中开始，他的睡眠都十分规律，如果没有什么紧急的事情，他都是凌晨三点睡觉，早上六点起床。

正是规律的睡眠，让他拥有一副好身体，让他能够保持旺盛的精力进行学习研究。

忽然，陈辉双眼微眯。

他在实验记录中注意到了一个被所有人忽略的细节，那批质谱数据是不同时间点0h，1h，6h，24h的采样！

而之前的分析，都下意识地把它们合并处理了，试图找一个静态网络。

但显然，信号通路的激活是一个动态过程！

就像看一场传球比赛，你必须看视频回放，而不是看一张合影，才能知道是谁传给了谁。

灵光乍现，随后便是无数灵光涌现。

就像是敲开了那层遮蔽泉水的纸片，随后便是地涌金泉！

陈辉立刻转向了动态贝叶斯网络和时间序列分析，他将不同时间点的数据按照其内在时间关系串联起来。

他构建模型，追踪每一个信号蛋白的磷酸化水平随时间变化的轨迹。

通过分析这些轨迹之间的时间先后顺序和协变关系，因果关系的推断变得前所未有的清晰，是a蛋白的激活 consistently发生在b蛋白之前，那么a是b因的可能性就极大提高了。

迷雾瞬间散开！

动态模型清晰地显示，特定的egfr突变体首先快速招募并激活了一个适配器蛋白，然后这个适配器蛋白在某个特定时间点意外地激活了pkcδ，pkcδ进而绕过经典的ras蛋白，直接磷酸化并激活了下游的raf同工酶，从而抄近路驱动了整个促增殖通路。

陈辉很快找到了一条经过动态时间序列数据验证的、高置信度的非经典通路模型，突变egfr->gab1->pkcδ->craf->mek->erk。

他还利用这个模型预测了几个关键节点，如果抑制pkcδ，就应该能特异性地阻断这条非经典通路，逆转耐药性，他甚至还预测了抑制后下游各蛋白磷酸化水平下降的先后顺序和大致幅度。

……

早上八点，唐剑准时来到实验室，提着新鲜的豆浆油条往小会议室走去。

吱呀，

还不等唐剑走进会议室，会议室的门就被推开，陈辉从里面走了出来。

唐剑愣在原地，眼睛一点点睁大。

陈辉在会议室中待了一个多月了，从来没有出来过，现在他出来，是不是意味着，模型构架成功了？

“通知宋教授，准备验证吧！”

陈辉没有卖关子，接过唐剑手中的豆浆油条，自顾自的大快朵颐起来。

八点半，

华夏医学科学院，国家重点肿瘤研究实验室，

二十三人的团队齐聚一堂，大家齐聚大会议室。

“真的假的，他真的完成了模型的构建？”